Para utilizar o multiboot em um pendrive, recomendo a utilização do aplicativo multibootusb. O qual pode ser instalado em Windows ou outros sabores Linux.
A instalação do aplicativo é extremamente fácil (entenda-se Next, Next, Finish). E é possível montar pendrives com diversas distribuições diferentes de linux e/ou Windows. Recomenda-se a utilização de distribuições live, que podem ser executadas diretamente do pendrive, mas nada impede a instalação de distros que não são live.
A utilização é simples, você seleciona o pendrive, seleciona a imagem a ser instalada e instala no pendrive. Quando realizar o boot pelo pendrive será apresentado um menu com a distro a ser utilizada.